Der Ortsname bedeutet „Wohnstätte auf der Höhe“. Der Ort befand sich im frühen Mittelalter im Besitz der Herzöge von Bayern, später der fränkischen Könige. Im Jahre 789 gelangte er durch Übertragung der Nutzungsrechte an die Domkirche von Passau. 903 schenkte der letzte fränkische König Ludwig (das Kind) die Hofstelle – es ist der Huber-Hof – dem Domkapitel von Passau, das sie bis zum Jahre 1803 innehatte.

Wann die erste Kirche erbaut wurde, ist nicht bekannt. Erstmals wird eine Kirche im Jahre 1135 erwähnt. Ein Bau aus Stein dürfte wohl im 12. Jahrhundert errichtet worden sein, mit einem Turm im Osten, in dessen Untergeschoss der Altar stand. Nach dem Einsturz dieses Turms 1435 entstand im Laufe der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts die spätgotische Kirche in ihrem gegenwärtigen Baubestand. Das Hauptschiff überragt an Höhe und Breite beträchtlich die Kirchenräume der benachbarten Pfarreien. Der Hochaltar wurde im Jahre 1904 von dem Passauer Bildhauer Franz Kruis nach Plänen des Münchner Architekten Johann  Schott angefertigt. Das Altarbild stellt die Aufnahme Mariens in den Himmel dar. Von den seitlich angebrachten Reliefs hat das rechte, die Heilige Sippe darstellend, eine spätgotische Arbeit, hohen künstlerischen Rang. Die Kreuzigungsgruppe über dem Chorbogen ist um 1500 entstanden. Die Figuren des Hl. Blasius und des Hl. Rochus stammen aus der abgebrochenen Kirche in Blasen. 1972 wurde der Innenraum der Kirche renoviert und ein Volksaltar und ein Ambo aufgestellt, Werke des Künstlers Wolf Hirtreiter.

Der östliche Teil der Seitenkapelle enthält in einem zierlichen Barockaltar das Gnadenbild der „Schönen Maria im Turm“, eine qualitätvolle Arbeit aus dem Ende des 15. Jahrhunderts, sowie eine Pieta aus derselben Zeit. Die seitlich stehenden Figuren stellen Joachim und Zacharias dar. Westlich schließt sich die um 1780 klassizistisch ausgestattete Annakapelle an, an deren Südwand der barocke Altar mit der Sitzgruppe der „Anna Selbdritt“ steht.

Das Pfarrgebiet umfasste ursprünglich die Filialkirche in Irsham, aus der sich im Jahre 1807 die Pfarrei Fürstenzell entwickelte, und die Nebenkirche in Essenbach und Wendelkirchen-Blasen. Die Kirche von Höhenstadt wurde 1319 vom Domkapitel Passau dem Kloster Fürstenzell inkorporiert. Bis zu dessen Aufhebung 1803 übten die Zisterzienser die Seelsorge aus. Seit dieser Zeit ist Höhenstadt selbständige Pfarrei, wird aber seit 1975 von Maristenpatres des Klosters Fürstenzell betreut.

Höhenstadt war vom ausgehenden Mittelalter an Ziel zahlreicher Wallfahrer von nah und fern. An der im Talgrund hervorsprudelnden Schwefelquelle suchten viele Kranke Linderung ihrer Gebrechen, vor dem Gnadenbild der „Schönen Maria im Turm“ Trost in ihren Sorgen und Ängsten. Die Wallfahrt stand bis zum 17. Jahrhundert in Blüte, bis das benachbarte Sammarei und später Altötting die Wallfahrerströme an sich zogen. Die einst sehr zahlreichen Votivbilder sind nicht mehr erhalten.